Amino Asitler / Genel Mikrobiyoloji

amino

Amino Asitler

Amino asitler, yapılarında amino -NH2 ve karboksilik asit -COOH gruplarını içeren moleküllerdir ve canlılarda çok değişik fonksiyonlara sahiptirler. Genelde biz onları sadece proteinlerin monomerleri olarak biliriz ama doğada bulunan 300 amino asidin yalnızca 20’si proteinlerde bulunur. Proteinlerin yapısında bulunan bu 20 amino asit L-α-amino asit olarak adlandırılırlar. Buradaki α ön eki, moleküldeki α- karbonuna hem amino hem de karboksilik asit gruplarının bağlı olduğunu gösterir. L-ön ekiyse daha ziyade molekülün stereokimyasıyla alakalıdır. Aşağıdaki şekilde gördüğünüz üzre α karbonuna -H,-NH2,-COOH ve bir de -R grubu bağlıdır ve bu karbon R grubunun -H olduğu glisin dışında diğer tüm amino asitlerde, 4 farklı grubun bağlı olduğu bir stereojenik merkezdir. Bu yüzden bu α-amino asitler kiraldir ve L ön eki sola çeviren anlamına gelen Levarotatoryden gelir; molekülün de L-gliseraldehit ile aynı mutlak konfigürasyona sahip olduğunu gösterir.

amino

Gelelim bu R gruplarına… Demin de bahsettiğim gibi amino asitlerde bulunan bu R grubu en basit haliyle -H olabileceği gibi çok değişik şekillere girip amino aside farklı özellikler katabilir. Mesela onu asidik veya bazik yapabileceği gibi, aromatik, apolar alifatik veya nötral polar yapabilir.

Amino Asitlere Genel Bir Bakis

Bilim adamlari siniflandirma konusundaki hassasiyetlerini bir kere daha gostererek aminoasitleri sahip olduklari R-gruplarina gore uce ayirmayi basarmislar. Buyrun;

1- Apolar Yan Zincire Sahip Olanlar:

1-Glisin R = -H Kiral merkeze sahip olmayan tek amino asit olmakla birlikte, gergin olmayan yapisi dolayisiyla enzim yapilarinin kivrimlarinda bulabilme olasiliginizin daha yuksek oldugu minik amino asit,

2- Alanin R = -CH3 Yuzde 7.8 ile proteinlerin yapisinda ‘losin’den sonra en fazla bulunabilecek amino asit,

3- Valin R = -CH(CH3)2 Enzim yapisinin kararligini saglayan ‘hidrofobik etki’ nin onculerinden olan bir amino asit,

4- Lösin R = -CH2CH(CH3)2 Yuzde 9.1 ile proteinlerin yapisina en fazla katkida bulunan amino asit,

5– Izolösin R = -CH(CH3)CH2CH3 Iki kiral merkeze sahip iki amino asitten biri, digeri icin (bakiniz: treonin)

6– Metionin R = -CH2CH2SCH3 Protein sentezini baslatmak gibi onemli vazifeleri ustlenmis kukurt’lu amino asit,

7- Prolin R = -CH2CH2CH2-N(amino asitin amino grubu) Sekonder amino grubuna sahip olan tek amino asit olmasi hasebiyle enzimlerde gerginligin korunmasi gereken yerlerde kullanilan amino asit,

8- Fenilalanin R = – CH2-C6H5 diger molekullerle pi-bagi etkilesimlerinin gerektigi yerlerde hazir kit’a bulunan amino asit,

9- Triptofan R = – CH2-indol ‘Hafif depresan’ olarak kullanilabilecegi bazi arkadaslar tarafindan farkli ortamlarda belirtilmis proteinlerde en az rastlanan amino asit (% 1.4),

2- Yüksüz Polar Zincire Sahip Olanlar:

Serin R = -CH2OH Alkol grubuna sahip amino asit (‘serin’lik alkol’u cagristirdigi icin ezberlenmesi en kolay amino asitlerden biri olmustur kanimca),

Treonin R = -CH(OH)CH3 Akol grubuna sahip iki kiral merkeze sahip tek amino asit (bkz: ayirt edici ozellik bulmak icin kasmak:),

Glutamin R = -CH2CH2CONH2 Kandan beyin dokularina gecmeyi basarabilen tek amino asit,

Tirozin R = -CH2-C6H4OH Bunyede eksikligi sonucu depresyon ve davranis bozukluklari ortaya cikarabilen, vucutta yag duzenini saglamada fonksiyonu bulunan adini sevemedigim amino asit,

Sistein R = -CH2SH Iste bir kukurt daha deyip yuzumu burusturmama sebep olan, kendisiyle olusturdugu dimer dolayisiyla proteinlerin yapisinda cok onemli bir etkiye sahip olan amino asit,

3- Yuklu Polar Zincire Sahip Amino Asitler:

Lizin R = -CH2CH2CH2CH2NH3 + Alifatik karbon grubuna bagli amino grubun sayesinde arti yuke sahip olan amino asit (pK=10.54),

Arjinin R = -CH2CH2CH2NH-C(NH2)2 Sahip oldugu guaninidino grubu sayesinde pozitif yuke sahip olan amino asit

Histidin R = -CH2-imidiazol Sahip oldugu imidiazol grubu sayesinde arti yuke sahip olan amino asit(pK=6.04),

Aspartik Asit R = -CH2COO￾Sahip oldugu karboksil grubu sayesinde eksi yuke sahip olan (pK=3.90) ve sitrik asit dongusunde ara madde olarak rol oynayan amino asit,

Glutamik Asit R = -CH2CH2COO￾Sahip oldugu karboksil grubu dolayisiyla eksi yuke sahip amino asit, aspartik asitin kankasi,
Tablo 1 : Proteinlerde bulunan amino asitler, kısaltmaları, ve yapısal formülleri (amino asitlerin kendine özgü yan zincirleri kırmızıyla gösterilmiştir)

tablo1

tablo2

Please follow and like us:

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir